Pikminčke usmerjate, jih mečete in krepite ter izkoriščate njihove posebne sposobnosti. Tisti s krili znajo leteti, drugi dihati pod vodo in podobno. Izbrati morate tiste, ki so primerni za dano oviro, in menjavati med tremi poveljniki, s katerimi izvajate koordinirane naloge. Le tako bo pikminska posadka rasla in napredovala. Poleg zgodbene kampanje je vdelanih dosti misij z določenimi cilji, kjer lahko rezultate na spletnih lestvicah primerjate s svetom, igra pa omogoča tudi sodelovalno in tekmovalno igranje za dva. V primerjavi z izvirnikom za Wii U vsebuje nove stranske naloge in vse dodatne stopnje iz originala.